Свято-Климентовский монастырь расположен неподалеку от Инкерманского автомобильного моста, который пролегает через р. Черная, на участке трассы Севастополь - Симферополь. Попасть в монастырь можно с помощью небольшого тоннеля, который ведет прямо в монастырский двор. Других путей сюда просто нет, с одной стороны монастырь загораживает ж/д полотно, а с другой - нависающая скала. Именно на ней и была построена крепость Каламита.
Церковь восстановили в 1850 году, по инициативе архиепископа Иннокентия. Он и создал здесь небольшой монастырь, посвятив его святым папам Клименту и Мартину. На территории сада в пределах монастырских стен до сих пор существует источник. Придание гласит, что вода появилась прямо из скалы после молитв св. мученика Климента. Случилось это почти две тысячи лет тому назад.

Есть сведения, что Свято-Климентовский монастырь стал натурой для создания первой цветной фотографии. А сделал ее император Николай 2, известным своей тяге к фотоделу.

В 1926 году по инициативе советских властей монастырь был закрыт. Однако, несмотря на это, в монастыре осталось жить несколько человек: настоятель архимандрит Венедикт (Чеботарев), два старца - отец Герман (Андреевский) и отец Митрофан (Бороздин).

В Великую Отечественную войну в монастырских пещерах расположился штаб 25 Чапаевской див. Приморской армии. В честь всех погибших в последние дни обороны Севастополя, в 1969 году на территории Свято-Климентовского монастыря появилась стелла, сделанная из белого альминского камня. Это памятник, водруженный на трехступенчатое основание. Автор проекта стал архитектор А. В. Веселов.

Теперь монастырь возобновил функционирование, и его ежегодно посещает множество паломников и туристов.