В XIII веке на месте бывшей Феодосии появился новый город - Кафа. Город стал резиденцией Генуи в Крыму, когда генуэзские купцы выкупили развалины некогда большого полиса у татарского хана Оран-Тимура. С целью защиты от тех же татар, в XIV-XV вв вокруг города Кафа появились мощные стены (их высота достигала 12 м, а толщина - 2,5 м). Цитадель имела 30 башен, окруженных рвом с водой. Крепость Кафа была построена на склоне вокруг Карантинного холма. В ее состав входили: Консульский дворец, казначейство, здания суда, а также резиденция латинского епископа. Был здесь и второй пояс стен, который окружал не только крепость, но и сам город с рынком, мастерскими лавками и жилыми домами.

Позднее, в 1308 году крепость все-таки была разрушена татарами, как и город в окружении. Однако его название так и сохранилось в истории. Сегодня на территории цитадели имеется единственная уцелевшая с тех времен постройка - южная стена и две башни (Святого Климента и башня Криско). Имеются и отдельные башни в других частях города. Самые сохранившиеся из них - Доковая, Джиованни ди Скаффа, Круглая, Константина. У подножья холма Митридат - располагалась ранее башня Фомы.